以甘肃武威设施菜地为对象，采用amoA基因末端限制性片段多态性分析（PCR-TRFLP）技术与实时荧光定量PCR（Real-time PCR）相结合的方法，研究了不同施肥处理下土壤中氨氧化细菌群落组成和丰度的变化。结果表明：设施菜地中氨氧化细菌的优势种群均为Nitrosospira cluster 3属，亦含有少量Nitrosomanas cluster 7属。定量PCR分析发现在当地农民习惯施肥用量一半的处理下（1/2 MNPK），0~20 cm和20~40 cm土层中氨氧化细菌的丰度最大值分别为每克干土9.95×107、6.65×107拷贝数，比不施肥处理增加了105.0%和315.3%。施肥类型、土壤层次均是导致氨氧化细菌群落结构和丰度变化的重要因素。研究结果对进一步探讨设施栽培条件下氨氧化细菌的功能、环境适应机理及其在土壤氮素循环中的作用等，均具有较大的参考意义。