采用基于氨单加氧酶基因的PCR-RFLP和DNA测序技术，以黄土高原旱地黑垆土为材料，研究长期施用氮肥和磷肥对土壤氨氧化古菌多样性的影响。结果显示，不同施肥处理土壤样品得到的氨氧化古菌的OTU数分别为25（种植不施肥，CK）、21（不施肥不种植，LD）、18（单施氮肥，N）、25（单施磷肥，P）和13（氮、磷共施，NP）。氨氧化古菌的多样性指数H′和优势度指数Ds变化趋势基本相同，分别为P>CK>LD>NP>N和P>CK>NP>LD>N；种群丰富度和均匀度指数在不同处理间变化较大，分别为CK>P>LD>N>NP和P>NP>LD>N>CK。各处理优势氨氧化古菌绝大部分属于Cluster S，少数属于Cluster M，获得的序列全部属于难培养泉古菌门。不同施肥方式的长期定位试验土壤中氨氧化古菌多样性变化较大，而优势氨氧化古菌系统进化定位没有显著变化。