以餐厨垃圾、果蔬垃圾、麦秸3种不同原料分别进行厌氧消化，研究了各反应器在最佳运行条件下的消化特性和微生物群落组成。结果表明：VS产气率由高到低依次为餐厨垃圾（756.4 mL·g-1VS-1）、麦秸（696.5 mL·g-1VS-1）和果蔬垃圾（433.5 mL·g-1VS-1），甲烷含量在51.5%~55.1%之间，利用PCR-DGGE技术系统地分析了不同原料消化系统内细菌和古菌的群落结构构成及差异。结果表明，虽然3组样品中细菌和古菌的群落存在相同的优势微生物，但其数量和群落结构差异也较为明显，细菌中以拟杆菌（Bacteroidetes）以及古菌中甲烷鬃菌属（Methanosaeta）和甲烷螺菌属（Methanospirillum）均为样品共有的优势微生物。