同时采用PLFA（Phospholipid fatty acid）谱图分析法和DGGE（Denaturing gradient gel electrophoresis）法分析农业废物堆肥化过程中细菌群落的变化。结果表明：（1）单体PLFA数据显示样品之间的群落结构有明显差异，随着堆肥进程的进行，群落在不断演替，PLFA数据可以较为明确地表征微生物生物量的变化，但不能给出具体的物种变化信息；（2）DGGE分析显示堆肥过程中的样点和DGGE条带数据都存在3大主要类别，堆肥过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替，即嗜温细菌群落、高温细菌群落和腐熟期细菌群落。堆肥过程是微生物群落结构与堆肥温度相互制约的过程；（3）虽然两类方法显示的信息并不完全一致，但也因此说明了不同方法显示的信息并不是绝对的，采用各类方法组合研究堆肥微生物的信息变化是很有必要的。