2008年5月—2009年5月对巢湖藻类组成及水质的季节变化进行了逐月调查研究。鉴定的藻类共6门31属48种，其中绿藻比例最高，占47.9%。藻类优势种群为蓝藻门的铜绿微囊藻（Microcystic aeruginosa），出现频度为90.9%。3个采样点藻类群落组成没有明显差异，藻类物种丰富度指数（Margalef值）和藻细胞密度的变化范围分别为0.10~1.84和（12.65~825.00）×106 cell·L-1，且冬季值较低。同时，叶绿素（1.30~41.10 μg·L-1）和总磷（0.06~0.48 mg·L-1）含量分别在秋季和夏季显著高于其他季节。典范对应分析（CCA）显示，藻类种群分布受水环境因子的影响较为明显。整体上，TP是影响巢湖藻类种群分布的重要因素。