从日本九州地区23处堆肥化设施采集了以牛粪、鸡粪、污泥和餐厨垃圾为原料的堆肥试样29个，调查了大肠菌群等粪便污染指标菌的残留状况。结果表明，使用DESO培养基有11个试样被检出大肠菌群，检出率达38%，菌数在102~106 cfu·g-1的范围。使用API 20E鉴定系统对4个试样中的21个分离纯化菌株进行了菌种鉴定，发现有大肠菌群属的Escherichia coli、Escherichia vulneris、Pantoea sp.和Buttiauxella agrestis，以及非大肠菌群属的Serratia marcescens等肠内细菌科细菌。采用血清凝集试验对5株E.coli的病原性检测结果均为阴性。进一步针对6处堆肥设施的堆肥发酵过程中大肠菌群的消长追踪发现，大肠菌群数从原料到成品出现了逐渐减少直至消失、暂时消失、未完全消失、完全未检出4种走势，显示即使堆肥发酵温度在60 ℃以上，大肠菌群也有可能通过交叉污染等途径残留在堆肥成品中。