农田氮、磷随地表径流向水体迁移，不仅造成化肥利用率降低，农业生产成本上升，还对水环境造成污染，引起水体富营养化。针对滇池流域规模化韭菜生产施肥量大，农业面源污染严重等问题，采用田间试验，结合自然降雨与人工模拟降雨，研究了不同施肥及田间沟渠利用方式下农田氮、磷的流失风险。结果表明，相对于化肥表施，合理的有机-无机肥料配合施用以及化肥深施，可分别降低地表径流中总氮和总磷平均浓度53%和39%。施肥后1周为氮、磷流失的高风险期，随后其风险随时间延长而降低；通过小区间沟渠的改造，提高排水溢流口高度，控制径流在沟渠内滞留时间以及采用农田养分循环利用的回灌技术，可减少农田向环境水体输出总径流量的76%以上，并同时提高了肥料利用率。