鉴于多种技术被用于控制崇明东滩互花米草的蔓延，为了选择更好的互花米草控制技术，首先比较不同控制技术作用下湿地土壤总有机碳（SOC）含量的差异，并对土壤中的微生物活性进行研究以分析土壤中总有机碳的输出能力，进而分析土壤总有机碳的保留能力。结果表明，经过刈割/翻耕、刈割/翻耕/水位调节、刈割/生物（芦苇）替代等控制措施后，湿地土壤中土壤总有机碳含量、可培养微生物菌落数、土壤转化酶活性和土壤呼吸强度均高于对照，而通过DGGE技术对微生物种群进行分析后发现，修复后的湿地土壤多样性显著低于对照。在几种不同的控制技术中，刈割/翻耕/水位调节模式由于增加了土壤的滞水时间，其土壤微生物活性相对较低，有机碳含量较高，表明采用该修复技术后土壤的碳代谢能力相对较弱，因此该修复技术更有利于湿地土壤有机碳的保留。相对其他控制技术而言，刈割/翻耕/水位调节模式可在控制互花米草蔓延的同时有效地保留土壤有机碳。