为研究短小芽孢杆菌BX-4在作物根际的定殖及防病效果，通过浓度梯度法用氨苄青霉素对其进行了抗性标记，并通过番茄盆栽试验研究了其在根际土壤中的定殖规律。结果表明，筛选出的突变体菌株BX-4′能够耐受浓度为200 μg·mL-1的氨苄青霉素，并且具有耐药和遗传双重稳定性；应用试验显示该突变体菌株能成功在番茄根际定殖，接种20 d后根际土壤中存活数量达到最高值1.34×108 cfu·g-1干土，以后逐渐下降，到50 d时趋于稳定；筛选的突变体菌株对番茄青枯病具有明显的防治效果，防效达37.9%~50.9%。短小芽孢杆菌BX-4在作物根部的定殖规律为揭示其生防机理及应用该菌提供了科学根据。