大量研究证明稻田土壤比旱地土壤更具固碳潜力，但至今对稻田土壤固碳机制的认识尚不甚清楚。本研究于2007年利用两个开垦年代相似，近20多年分别一直种植双季稻和双季玉米的长期定位试验，来比较不同种植模式下土壤有机碳及其组分的差异。结果表明，水田土壤总有机碳和总氮的浓度分别是旱地的2.2倍和2.5倍。与试验前相比，水稻种植显著提高了土壤有机碳的含量，增幅达到30.8%，而旱地的前后差异不显著。在所有团聚体粒径水平上，水田有机碳的浓度均显著高于旱地。其中53~250 μm微团聚体相差最大，水田是旱地的近3倍。水田微团聚体保护碳（iPOM_m）在土壤中的浓度是旱地的4.2倍，微团聚体保护碳在总有机碳中的比重也显著高于旱地，达到25.5%，是旱地的2倍。水田和旱地iPOM_m组分碳的差异能够解释其总有机碳差异的42.8%。上述结果可以增强我们对稻田土壤固碳机制的了解，为稻田土壤碳管理提供理论依据。