我国农业环境保护研究经历30余年的发展，在许多方面已取得显著的成就。但随着全球化环境保护问题的出现，我国农业环境研究面临越来越严峻的挑战。因此，需要发展农业环境科学。在此背景下，本文提出我国农业环境研究中值得关注的4个科学问题：不同尺度条件下农业污染物的时空变异、有毒有害物质的生物有效性与植物毒性、以污染农田生态修复或安全生产为目标的功能作物物种选育与作物种植结构调整以及农业产地禁产区“边生产、边修复、边监测”的综合防治途径，并对以上4个科学问题的国内外研究现状进行了综述，在此基础上探讨了其今后的发展趋势。