比较研究不同富营养化浅水湖泊中蓝藻种群结构和多样性，对于认识蓝藻水华的区域分布特征具有重要的生态和环境意义。于2009年7月在富营养化严重的滇池、巢湖和太湖各选取4个采样点，采用16S~23S rRNA基因间隔区（Internal transcribed spacｅｒ，ＩＴＳ）序列作为生物标记，通过末端限制性片段长度多态性技术（Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP）分析蓝藻种群结构和多样性。实验共得到36个不同的末端限制性酶切片段（Terminal restriction fragment,T-RF），反映3个湖泊中蓝藻种群具有丰富的基因多样性。T-RFLP聚类分析结果表明，在所研究的湖泊中蓝藻种群结构存在空间差异性，其中滇池和巢湖间蓝藻种群结构更为相似。环境因子与蓝藻种群的多元统计分析表明，正磷酸盐（PO4-P）和pH与附着细菌样品蓝藻种群结构动态变化具有显著的相关性（P<0.05），电导率（Conductivity）和总有机碳（TOC）与浮游细菌样品蓝藻种群结构动态变化具有显著的相关性（P<0.05）。因此，不同湖泊蓝藻水华的基因型和驱动因子存在差异。