根据第二松花江流域水文具有明显季节变化和非点源污染主要发生在汛期，点源排放量年内相对稳定的特点，利用第二松花江流域出口控制水文站和水质控制断面监测数据，分别计算了第二松花江流域COD和NH3-N的非点源输出负荷。结果表明，流域多年平均输出的非点源COD负荷为99 930 t·a-1，点源COD负荷为174 743 t·a-1，分别占流域总输出COD负荷的36％和64％，点源COD污染仍是第二松花江流域的主要污染源；非点源NH4+-N输出负荷为9 888 t·a-1，占总NH3-N负荷的44%，并呈增长趋势；非点源污染输出负荷有明显的时空分布特征，并与流量呈显著正相关。夏汛期非点源COD输出负荷（y）与同期流量（x）有y＝-44 849+161.682x。因此可利用气象、水文动态预报数据进行流域非点源污染输出负荷的预报，为非点源污染预防和控制提供科学基础。建议在继续加大流域内工业废水和生活污水处理力度的基础上，对非点源污染防治也要进行更多关注。